Fabuła opowiada o losach pewnego chłopca imieniem Naruto, początkowo ignorowanego przez mieszkańców rodzinnej wioski, oraz na jego wysiłkach, by spełnić marzenie – zostać zaakceptowanym przez wszystkich, którzy nie zwracali na niego uwagi. Jak nietrudno się domyślić, jest to seria trochę w stylu „from zero to hero”. Tak więc początkowo chłopiec jest uczniem Akademii Ninja w wiosce Konoha, później staje się geninem (najniższym stopniem w hierarchii ninja) i udaje się do wioski terroryzowanej przez pewnego multimilionera. Po powrocie staje do egzaminu na stopień chuunina, podczas którego oczywiście wszystko się komplikuje. Pojawiają się kolejni przeciwnicy, tacy jak legendarny sennin, a także członkowie jakiejś organizacji, najwyraźniej chcącej czegoś od Naruto.
Naruto Shippuden to kontynuacja znanego anime Naruto. Akcja Shippudena rozpoczyna się po upływie dwóch i pół roku od pierwszej serii, podczas których główny bohater trenował wraz z legendarnym Senninem - Jiraiyą. Uzumaki powraca do Konohy, by spełnić obietnicę, jaką złożył swojej przyjaciółce, Haruno Sakurze - za wszelką cenę odbić z rąk Orochimaru ich przyjaciela - Uchiha Sasuke. Jednak sprawa nie jest taka prosta. Naruto musi się zmierzyć z wieloma przeszkodami, by dotrzeć do Sasuke. Na dodatek w jego ciele zapieczętowano demona Kyuubi i z tego powodu Naruto ściga organizacja zwana Akatsuki. Jej członkowie planują zapanować nad wszystkimi demonami i stać się najpotężniejszą grupą na świecie. Nasz bohater nie jest jednak sam i z pomocą przyjaciół trenuje, by stać się na tyle silnym, aby sprostać wszystkim wyzwaniom.
Wiele lat minęło od zakończenia głównej historii. Naruto jest teraz Siódmym Hokage, a Hinata została jego żoną. Mają syna, Boruto, i córkę, Himawari. Sasuke ożenił się z Sakurą, ich córką jest Sarada. Boruto, Sarada i Mitsuki zostali przydzieleni do drużyny pod wodzą mistrza Konohamaru, wnuka Trzeciego Hokage, który podziwiał Naruto za młodu. Boruto nie dogaduje się ze swoim ojcem, mówi na niego „kuso oyaji”, co po japońsku oznacza kiepskiego ojca, i nie szanuje osiągnięć swoich przodków. Zamiast tego wybrał Sasuke na swojego mistrza, który ma go wytrenować, by był w stanie pokonać Naruto i zaliczyć zbliżający się egzamin na chuunina.
Odcinek specjalny dołączony do limitowanej edycji płyt DVD/BD filmu kinowego Boruto: Naruto the Movie.
Odcinek specjalny dołączony do gry Naruto Shippuden: Ultimate Ninja Storm Generations opowiadający historię powstania Wioski Liścia i przedstawiający pojedynek Pierwszego Hokage, Hashiramy z Uchihą Madarą.
Dwa lata po zakończeniu IV Wojny Światowej Shinobi, Księżyc zaczyna niebezpiecznie zbliżać się do Ziemi! Naruto musi zapobiec nowemu zagrożeniu - uderzeniu Srebrnego Globu w Błękitną Planetę! Tymczasem w Konosze pojawia się Toneri Outsutsuki, który po nieudanym uprowadzeniu Hinaty - zamierzającej wręczyć Naruto osobisty dar miłości w trakcie Zimowego Festiwalu Konohy - porywa Hanabi. Hinata, Naruto, Sai, Sakura i Shikamaru zostają wysłani na pomoc Hanabi. Ostatecznie Hinata także zostaje uprowadzona, a Naruto udaje się na ratunek obydwóm siostrom Hyuuga.
Wioska Ukrytego Wodospadu zostaje zaatakowana przez nieznanych ninja, zwykła misja rangi c przekształca się w wielką bitwę. Teraz Naruto, Sasuke i Sakura muszą pomóc Shibukiemu liderowi Wodospadu, ochronić jego wioskę i pokazać mu kim jest prawdziwy bohater. W typowej misji rangi c zostaje przyłączony do drużyny 7. Kiedy dojdą do celu podroży, który jest w wiosce Wodospadu, poznają tchórzliwą naturę przywódcy wioski. Co gorsza, wrodzy ninja atakują jego wioskę i kradną świętą wodę, której wypicie powoduje znaczne zwiększenie siły. Teraz Shibiki i młodzi genini muszą pokonać wrogów i odebrać świętą wodę.
Sakura płacze, trzymając pozornie martwego Naruto, który ma znaki cięć na w jego piersi, w ramionach, z Kakashim za nią. Podsumowując zostaje przedstawiona walka Naruto i Sasuke. Oboje stają naprzeciw sobie w walce ponownie, Naruto w Trybie Mędrca z Ostrzami Czakry Asumy i Shikamaru, a Sasuke z pomocą jego Miecza Kusanagi. Kończą Rasenganem i Chidori. Po retrospekcji, Naruto budzi się, pocieszając płacząca Sakurę, która z radością obejmuje go, a tymczasem, Kabuto i Madara patrzą na następstwa bitwy. Ranny Sasuke uśmiecha się i pokazuje jego Sharingan, który zmienia się w Mangekyō Itachiego, a następnie w własny Sasuke, podążając za krzykiem dziecka.
Akcja odcinka toczy się między misją w Krainie Fal a egzaminem na Chuunina (pierwsza seria Naruto). Drużyna Kakashiego otrzymuje misję odnalezienia Genmaia - mężczyzny z Wioski Inaho - który zaginął gdzieś w mających złą sławę górach. Gdy docierają na miejsce, Kakashi odłącza się od grupy. Trzech młodych ninja zostaje zaatakowanych przez bandytów, którzy porywają Sakurę. Naruto i Sasuke, zdani tylko na siebie, ruszają na ratunek swojej przyjaciółce...
Piąta przywódczyni osady Konha urządza turniej zawodników poszczególnych klas ninja. W zawodach zatytułowanych Jounin vs Genin naprzeciw siebie stają shinobi z Konoha. Ich zadaniem jest zbieranie kryształów. Nagrodą dla zwycięzcy turnieju będzie możliwość wpływu na politykę osady.
Główny bohater - Naruto otrzymuje nową misję: musi pomóc młodszemu kumplowi-Konohomaru znaleźć czerwoną czterolistną koniczynkę, która znajduje się w Akagahara, miejscu wyjątkowo niebezpiecznym! Konohomaru potrzebuje tę roślinkę, bo wierzy, że dzięki niej spełni się jego życzenie: Yoshino, Kaede, dziewczyna, która bardzo mu się podoba nie opuści Akademii z powodu misji jej ojca...
Naruto staje twarzą w twarz przeciwko swojemu staremu uczniowi, Konohamaru, podczas turnieju, egzaminu na chūnina.
Debiutancka Dziewiątka plus Drużyna Guya bierze udział w zawodach sportowych, w których zwycięska drużyna otrzymuje jeden cały tydzień wolny od misji. Niestety Naruto, naprawdę musi iść do łazienki, zmuszając go, aby powtórzył chodzenie do łazienki między grami, tylko by każda próba była udaremniona przez jednego z pozostałych ninja, którzy są w większości nieświadomi jego stanu
Nadszedł czas na egzamin na chunnina, lecz tym razem głównym bohaterem jest nowe pokolenie Wioski Liścia.
Syn Hokage, Boruto, nie ma dobrych relacji z wiecznie zapracowanym ojcem, dodatkowo szybko się poddaje i idzie na łatwiznę. Chcąc zdobyć uwagę ojca, postanawia zostać uczniem Sasuke, który własnie przybył do wioski z tajemniczym zwojem dla Hokage. Jak będzie przebiegał ich trening? Czy drużyna Boruto poradzi sobie na egzaminie? Jakie informacje skrywa zwój? Czy Boruto uda się pojąć istotę bycia shinobi?
Komediowy wypełniacz, którego fabuła obraca się wokół dwóch braci Uchiha, Mangekyo Sharingana, kurczaków i jajek sadzonych.
*Tekst automatycznie przetłumaczony
Dziewięcioogoniasty nadal jest zapieczętowany w Naruto. Jednak spokój w wiosce nie trwa długo, ponieważ Pain, Konan, Itachi Uchiha, Kisame Hoshigaki, Sasori, Deidara, Hidan i Kakuzu - członkowie przerażającej organizacji zwanej Akatsuki atakują Konohagakure. Naruto ledwie udaje się zorganizować kontratak, ale dlaczego ci wszyscy shinobi pojawili się z powrotem, choć umarli. Tajemnica pozostaje, zaś wszyscy shinobi są chwaleni przez swoje rodziny za zakończenie tej niebezpiecznej misji. Jednak jeden z nich, który nigdy nie widział twarzy swoich rodziców, Naruto, czuje się samotny. W tym dokładnie w momencie, zamaskowany mężczyzna pojawia się w Konosze. Zarówno Naruto, jak i Sakura zostają zaatakowani przez nowe potężne genjutsu tajemniczego człowieka.
Naruto Uzumaki jest początkującym Ninja, mieszkającym w wiosce Konoha, należąca do Krainy Ognia. Jest Geninem, który niedawno ukończył Akademię Ninja, ale śni by stać się wielkim Hokage. Jego marzenia spełniają się, kiedy wyrusza na misję pod dowództwem Kakashiego wraz z Sasuke Uchiha i Sakurą Haruno. Ich zadanie polega na ochronie egocentrycznej aktorki Yukie Fujimi, która gra w filmie pt: The Adventures of Princess Fuun (Wind and Clouds). Finałowe sceny filmu mają być kręcone w Krainie Śniegu, która jest pokryta wiecznym lodem. Jest to mały kraj, ale dzięki Sousetsu Kazahana stał się bezpiecznym miejscem. Jednakże 10 lat temu stała się tragedia. Młodszy brat Sousetsu - Dotou Kazahana, wywołał bunt i przejął władzę w kraju. Sousetsu w chwili śmierci wręczył swojej jedynej córce - Koyuki wisiorek zrobiony z kryształów lodu. Naruto i cała drużyna zabierają marudzącą aktorkę do tej krainy. Po drodze zostają zaatakowani przez Ninja Śniegu i wychodzi na jaw związek między Yukie i Koyuki.
Demony zamierzają zniszczyć świat. Jedynym sposobem, by je powstrzymać, jest zamknięcie potworów w człowieku. Shion, pochodząca z Kraju Demonów, posiadła tę umiejętność. Potrafi także ożywiać demony i przewidywać śmierć ludzi. Pewnego dnia dziewczyna przewiduje śmierć Naruto, który postanawia nie poddać się i rozpoczyna walkę o swoje życie...
Czwórka Shinobi z Konohy (Kapitan Yamato, Uzumaki Naruto, Haruno Sakura i Sai) zostali przydzieleni do misji zatrzymania Missing-nina o imieniu Mukade. Drużyna kieruje się do ruin Rōranu, gdzie rzekomo znajduje się cel. Po dotarciu na miejsce ninja znajdują zbiega. Mukade wyjawia, że jego celem jest powrót do przeszłości. Mężczyzna uruchamia portal czasowy i cofa się w czasie. Światło przypadkiem pochłania też Naruto i Yamato. Shinobi przenoszą się do czasów, które dzieją się 20 lat przed rozpoczęciem serii. Gdy Uzumaki się budzi, spotyka królową Rōranu - Sāre, a także swojego ojca - Namikaze Minato.
Za próbę zamachu na przywódcę Ukrytej Wioski Błyskawicy (Raikage) i zabicie Joninów z Ukrytej Wioski Mgły oraz Ukrytej Wioski Kamienia, Naruto zostaje uwięziony w Hozuukijo, więzieniu zwanym również Więzieniem Krwi. Naczelnik zakładu, Muui, używa specjalnego jutsu, aby przejąć moc i umiejętności od swoich więźniów. Okazuje się, że ktoś lub coś czyha na życie Naruto. Rozpoczyna się bitwa o jego niewinność i odkrycie prawdy.
Odcinek został dodany do 7 DVD Naruto Shippuudena, wykonano go w dość nietypowy sposób - animację zastąpiły przesuwające się obrazki z mangi, którym towarzyszyły dialogi podłożone przez oryginalnych sejuu. Co ciekawe, akcja odcinka dzieje się w alternatywnej rzeczywistości.
Tajemnicza grupa shinobi przeprowadza niespodziewany atak na osadę Konohagakure, która w wyniku tego odnosi wielkie straty. Widmo kolejnej Wielkiej Wojny Ninja może się urzeczywistnić. Sasuke, wciąż nukenin (ninja, który porzucił swoją osadę) z Konohy, kolejny raz pojawia się przed Naruto w nieznanym miejscu, aby zapobiec takiemu biegowi wydarzeń.
Zbiegły ninja z Konohy, Hiruko, pragnie posiąść moc pięciu ograniczonych więzów krwi. Udało mu się porwać czterech użytkowników Kekkei Genkai, kolejnym celem będzie jego rodzinna wioska. Ofiarą natomiast ma zostać posiadający Sharingan Kakashi Hatake. Dla dobra mieszkańców Konohy kapitan drużyny 7 postanawia sam rozprawić się z wrogiem, jak jednak na tę wieść zareaguje Naruto?
Naruto, Sakura oraz z Shikamaru będąc na rutynowej misji napotykają nieznane siły pustoszące okolice. Wojownicy z którymi się mierzą są jak zombie pod dowództwem garstki ludzi mających moce i umiejetności porównywalne z technikami ninja, lecz ich siła pochodzi z innego źródła. Czego poszukuja ci wojownicy z innej krainy, skąd biorą moc i do czego jest im potrzebny tajemniczy przedmiot którego poszukują? Grupa młodych ninja będzie musiała odkryć całą prawdę kryjąca się motywami przeciwnika, a byc może zyskają silnego sprzymierzeńca.
Naruto, Kakashi, Sakura i Lee mają za zadanie przetransportować podróżującego po świecie zepsutego księcia z kraju Księżyca (który znajduje się na wyspie Półksiężyca na południowym morzu) do jego ojczyzny. Władca kupuje cyrk i szczęśliwy wypływa, natomiast Kopiujący ninja i jego podopieczni ochraniają monarchę jak i jego nowy zakup. Trzej tajemniczy ninja mają zamiar pomieszać im szyki.
Naruto odkrywa butelkę z Dżinem, podczas gdy on i wszystkie drużyny geninów są na grillu. Kiedy wszyscy dowiadują się o zdolności Dżina do spełniania życzeń, rozpoczyna się ostateczna pogoń.
Konoha Gakuen to prestiżowa szkoła, której uczniowie wyróżniają się zarówno w nauce, jak i sporcie. Jednak reputacja instytucji zostaje wywrócona do góry nogami wraz z przybyciem Naruto, nowego ucznia, którego celem jest zostanie przywódcą japońskiego gangu! Po częstych walkach z rywalizującymi przestępcami, Naruto udaje się przebić przez szeregi akademii. Jednak pozostała mu jeszcze jedna osoba do pokonania – jego zaciekły rywal, Sasuke.
Piąta Hokage organizuje konkurs zwany Jounin vs Genin. Chodzi w nim o to, by zbierać kryształy przeciwników. Genini mają niebieskie kryształy, a Chunini i Jounini czerwone. Czerwone kryształy są warte więcej niż niebieskie. Ten kto zdobędzie najwięcej punktów będzie mógł ustanowić nowe prawo w wiosce. Odcinek jest zapowiedzią gry na PS2.
Witajcie w Wiosce Ukrytej w Liściach. Wiosce gdzie Uzumaki Naruto, gwiazda serii "Naruto" ma swój dom. Każdego dnia, niezliczeni potężni ninja wykonują misje i trenują aby podszlifować swoje umiejętności. Naszym głównym bohaterem jest jednym z tych potężnych ninja... ale to nie jest Naruto! Jest to ninja który nie może używać ninjutsu, Rock Lee! Pomimo tego utrudnienia, Lee ma wielkie marzenia. Pracuje ciężko każdego dnia aby udoskonalić jego umiejętności w walce wręcz i zostać wspaniałym ninja! Żeby spełnić swoje marzenia, daje z siebie więcej niż ktokolwiek inny. Pod opieką swojego zapalczywego nauczyciela Guya, pracuje razem ze swoimi towarzyszami Tenten i Nejim. Oglądaj jak Piękna Zielona Bestia Rock Lee trenuje, chodzi na misje i przeżyj wszystkie jego przygody!